Jonas Vaitkus gimė 1944 m. gegužės 20 d. Armonų kaime (Raseinių raj.). 1974 m. baigė Sankt Peterburgo valstybinį teatro, muzikos ir kinematografijos institutą. 1974–1975 m. dirbo Šiaulių dramos teatro vyriausiuoju režisieriumi, 1975–1978 m. – Kauno dramos teatro režisieriumi. 1978–1980 m. studijavo Aukštuosiuose režisūros kursuose Maskvoje. 1980–1988 m. – Kauno dramos teatro vyriausiasis režisierius, nuo 1988 m. Lietuvos valstybinio akademinio dramos teatro režisierius, 1990–1994 m. – vyr. režisierius. Nuo 1988 m. dėstė Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje; profesorius (2006). Nuo 1991 m. kaip pedagogas dirbo JAV, Norvegijoje, Danijoje. 2008–2018 m. – Lietuvos rusų dramos teatro vadovas, 2018–2020 m. – vyriausiasis režisierius. Sukūrė spektaklių Lietuvoje ir užsienyje, režisavo kino filmų.

Svarbiausi apdovanojimai: LSSR valstybinė premija (1987). SSRS valstybinė premija (1989). „Kristoforas“ (1996). Lietuvos nacionalinė premija (2003). „Fortūna“ (2004, 2007). Auksinis scenos kryžius (2007, 2008, 2013). Gedimino ordino Karininko kryžius (2007).  Boriso Dauguviečio auskaras (2012).