Gintaras Varnas gimė 1961 m. rugsėjo 7 d. Vilniuje. 1993 m. baigė Lietuvos muzikos akademiją (kurso vadovai – Jonas Vaitkus ir Rimas Tuminas), 1997 m. ten pat – magistrantūros ir meno aspirantūros studijas, nuo 2005 m. čia dėsto, profesorius. 1979–1982 dirbo scenos darbininku, režisieriaus padėjėju Lietuvos rusų dramos teatre, 1984–86 mėgėjų teatro studijos režisieriumi, 1987–1988 – režisieriaus asistentu Kauno valstybiniame dramos teatre. 1989 m. įkūrė teatrą „Šėpa“, iki 1992 m. buvo jo vadovas. Nuo 1989 m. – laisvai samdomas režisierius, 2004–2007 – Kauno valstybinio dramos teatro (iki 2005 m. Kauno valstybinis akademinis dramos teatras) meno vadovas. 2008 m. įkūrė teatrą „Utopia“. Lietuvos nacionalinė kultūros ir meno premija (2005).