Jonas Vaitkus gimė 1944 m. gegužės 20 d. Armonų kaime (Raseinių raj.). 1974 baigė Sankt Peterburgo valstybinį teatro, muzikos ir kinematografijos institutą. 1974–1975 dirbo Šiaulių dramos teatro vyriausiuoju režisieriumi, 1975–1978 – Kauno dramos teatro režisieriumi. 1978–1980 studijavo Aukštuosiuose režisūros kursuose Maskvoje. 1980–1988 – Kauno dramos teatro vyriausiasis režisierius, nuo 1988 Lietuvos valstybinio akademinio dramos teatro režisierius, 1990–1994 – vyr. režisierius. Nuo 1988 dėsto Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje; profesorius (2006). Nuo 1991 kaip pedagogas dirba JAV, Norvegijoje, Danijoje. 2008–2018 – Lietuvos rusų dramos teatro vadovas, 2018–2020 – vyriausiasis režisierius. Sukūrė spektaklių Lietuvoje ir užsienyje, režisavo kino filmų. Lietuvos nacionalinė kultūros ir meno premija (2003). Gedimino ordino Karininko kryžius (2007).