Mindaugas Urbaitis gimė 1952 m. birželio 1 d. Kaune. 1975 baigė kompozicijos studijas Lietuvos valstybinėje konservatorijoje (Juliaus Juzeliūno klasė). Nuo 1975 (su pertrauka 1978-80) dėsto Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje (iki 1992 Lietuvos valstybinė konservatorija, 1992-2004 Lietuvos muzikos akademija; 1980-88 dėstė LVK Klaipėdos fakultetuose); profesorius (2011). Nuo 2000 dar dėsto Vilniaus dailės akademijoje, nuo 2015 ir Kazimiero Simonavičiaus universitete. 2000-09 Čiurlionio menų gimnazijos mokytojas.

1979–96 Lietuvos kompozitorių sąjungos valdybos (vėliau – Tarybos) narys, 1991–96 – pirmininkas. 1991–94 Lietuvos autorinių teisių gynimo asociacijos viceprezidentas, 1994–96 – prezidentas. 1991–95 Baltijos šiuolaikinės muzikos festivalio „Gaida“ direktorius. 2002–09 ir nuo 2015 radijo stoties „LRT Klasika“ laidų apie šiuolaikinę muziką „Modus“ autorius ir vedėjas (su Šarūnu Naku). Pasaulio kino muzikos akademijos narys (nuo 2001).